На засіданні Кабінету Міністрів України 5 лютого 2020 року прийнято рішення щодо призначення Ненюченко Наталії першим заступником Міністра соціальної політики України.

З вересня 2019 року вона працювала у складі нової команди Мінсоцполітики та займала посаду заступника Міністра.

Ненюченко Наталія відповідно до покладених на неї завдань координувала діяльність міністерства щодо стратегічного планування, розвитку соціального страхування та пенсійного забезпечення, питання реалізації державних соціальних програм, координації політики та євроінтеграції в частині стратегічного і бюджетного планування тощо.